高通量聲波基因組剪切儀是在傳統(tǒng)超聲波處理基礎(chǔ)上的技術(shù)革新,通過球面固態(tài)超聲換能器將聲波以三維方式聚焦到樣本區(qū)域,聚焦聲波能夠以不同角度的能量輸入獲得良好的處理效果,避免傳統(tǒng)超聲能量的不聚集可能引起的樣本處理過度及熱損傷。采用等溫、旋轉(zhuǎn)離心管及非接觸的方式對樣品進行打斷、勻漿和混合。用于無菌、超微量破碎,隔著離心管能打斷染色體。且不產(chǎn)生感染性飛霧,超聲探頭與樣品不接觸,避免交叉污染。自動聲波聚焦通過精確的控制系統(tǒng)和自動化的冷水機操作,為樣本處理提供高效可控、重復(fù)性優(yōu)良、溫度恒定及無污染的處理環(huán)境。目前已廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、細胞生物學(xué)等研究中。
1.更短的波長-低至3mm波長,與生物樣本大小相同數(shù)量級,更容易聚焦。
2.更集中的聲波-精確聚焦聲波至樣品區(qū)域,減少能量損失,帶來更低的功耗。
3.更安靜更健康-臨床醫(yī)學(xué)級超聲頻率,處于安全聽力范圍之外,無噪音,對人體無害。
基本原理
通過壓電轉(zhuǎn)換器,將電信號轉(zhuǎn)變?yōu)楦哳l聲波信號,產(chǎn)生數(shù)百萬的分子“空穴”,利用“空穴”在幾秒內(nèi)變大、破裂產(chǎn)生的瞬時流體剪切力,通過等溫、非接觸的方式對樣本進行打斷、勻漿和混合。
應(yīng)用領(lǐng)域
1.組織破碎與勻漿。
2.蛋白質(zhì)提取。
3.蛋白質(zhì)消解。
4.DBS血卡收集提取。
5.MALDI-TOF樣本處理細胞及亞細胞組分裂解。
6.ccfDNA提取。
7.ChIP染色質(zhì)剪切。
8.DNA/RNA提取。
9.生物標(biāo)志物提取。
10.DNA/RNA片段化。
11.FFPE樣本核酸提取。
12.配方設(shè)計。
13.脂質(zhì)體制備。
14.納米顆粒制備。
15.化合物分散/溶解藥物合成與微粉化。
不同片段化方法的對比
超聲波打斷法
1.操作簡單,耗時短,成本低
2.隨機片段化,無GC序列偏好
3.剪切效果不受DNA濃度影響
4.片段化結(jié)果集中度高,目的長度片段得率高
酶切法
1.實驗要求嚴(yán)格,針對不同樣本合適的片段化條件摸索不易,成本較高
2.存在序列偏好性
3.需要根據(jù)樣本濃度改變酶濃度,酶活性易受到溶液成分影響
4.目標(biāo)長度片段集中度較低
傳統(tǒng)探頭和非接觸式的對比
1.傳統(tǒng)探頭超聲波破碎儀
1)探頭與樣品直接接觸,有金屬離子污染,一次只能處理一個樣品,實驗周期長。
2)對于多個樣品,需要重復(fù)使用同一探頭,容易造成樣品交叉污染。
3)由于每次探頭插入樣品的深度不一,每次超聲的能量分布也不盡相同,影響實驗結(jié)果的重復(fù)性和準(zhǔn)確性。
4)由于不能采用封閉系統(tǒng),在超聲過程中產(chǎn)生的氣霧或者泡沫會擴散到環(huán)境中,造成潛在的生物危險。
2.非接觸式超聲波破碎儀
1)除了傳統(tǒng)的手持探頭,固定探頭的繁瑣。
2)消除了樣品交叉污染的危險;能隔著離心管能打斷染色體、破碎細胞。
3)無氣霧浮質(zhì)產(chǎn)生-增強生物安全性,用于無菌操作。